根据民事诉讼法第一百九十二条的规定，人民法院收到债务人提出的书面异议后，应当裁定终结督促程序，支付令自行失效，债权人可以起诉。本法维持了现行劳动争议处理体制中的仲裁前置制度，也就是说仲裁是劳动争议的必经程序。但是，如果按照民事诉讼法一百九十二条的规定，支付令失效后，劳动者可以向法院起诉，这就绕过了仲裁程序，与本法关于仲裁前置的制度不一致。因此，为了解决这一矛盾，草案曾经规定“人民法院收到用人单位提出的书面异议后，支付令自行失效，劳动者可以依法申请仲裁”，意在解决支付令失效后的劳动争议该怎么办的程序问题。但是，草案的这一规定遭到许多意见的反对，认为规定支付令的本意是为了通过人民法院的督促程序，快速解决劳动争议，解决现实的劳动争议处理周期过长的问题，如果支付令失效后，劳动者回过头再向劳动仲裁委员会申请仲裁，程序更加复杂，反而延长了处理劳动争议的周期，提高了解决劳动争议的成本，不利于及时解决劳动争议，尤其是实践中支付令制度很容易因对方提出异议而失效，这样规定，实际不利于保护劳动者的合法权益。因此，本法删去了草案中“支付令自行失效，劳动者可以依法申请仲裁”的规定，只规定人民法院应当依法发出支付令。那么，人民法院发出支付令，如果用人单位提出异议，支付令失效后，依照民事诉讼法的规定，劳动者可以直接向法院提出诉讼。当然，支付令失效后，劳动者也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。这样，就给了劳动者一个选择权，如果劳动者向法院申请支付令，当支付令失效后，劳动者选择向法院提起诉讼，那么也就放弃了劳动仲裁的救济方式。
申请支付令是劳动者在与用人单位达成调解协议的前提下进行的，经过双方同意，用人单位一般难以对支付令涉及的事项提出异议。这样，支付令制度就起到了及时解决劳动争议，保护劳动者合法权益的目的。
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