劳动者申请支付令应当适用民事诉讼法的有关规定。根据民事诉讼法的规定，申请支付令的程序是：
1．向人民法院提交申请书。考虑到民事诉讼法《劳动争议调解仲裁法》第一百八十九条《劳动争议调解仲裁法》第二款的规定，劳动者向人民法院提交的申请书应当写明请求给付劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金的数额和所根据的事实、证据。由于劳动者申请支付令的前提是达成了调解协议，因此，劳动者一般只需要提供调解协议书就可以。
2．向有管辖权的基层人民法院申请。申请支付令的管辖法院的确定应当根据民事诉讼法有关管辖的规定。如民事诉讼法《劳动争议调解仲裁法》第二十四条规定：“因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。”调解协议具有合同的性质，因此，劳动者可以按照这一条确定申请支付令的管辖法院，选择用人单位所在地或者合同履行地基层人民法院管辖。如果两个以上人民法院都有管辖权的，可以根据民事诉讼法《劳动争议调解仲裁法》第三十五条的规定，劳动者可以向其中一个人民法院申请支付令，劳动者向两个以上有管辖权的法院申请支付令的，由最先受理的人民法院管辖。
3．受理。民事诉讼法《劳动争议调解仲裁法》第一百九十条规定：“债权人提出申请后，人民法院应当在五日内通知债权人是否受理。”因此，劳动者提出申请后，人民法院应当在五日内通知劳动者是否受理。一般来说，申请支付令属于本法列举的因支付拖欠劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金事项达成调解协议范围的，法院都应当受理。
4．审查和决定。民事诉讼法《劳动争议调解仲裁法》第一百九十一条《劳动争议调解仲裁法》第一款规定：“人民法院受理申请后，经审查债权人提供的事实、证据，对债权债务关系明确、合法的，应当在受理之日起十五日内向债务人发出支付令；申请不成立的，裁定予以驳回。”在劳动争议中引入支付令制度，就是要简化程序，尽快解决劳动争议，实现劳动者的劳动债权。而且，劳动者申请支付令的依据是他与用人单位达成的调解协议，双方权利义务关系比较明确，因此，法院只要审查调解协议是否合法就可以了，一般只进行书面审查，不需要询问当事人和开庭审查。如果人民法院经过书面审查，认为调解协议合法的，应当在十五日内向用人单位发出支付令；如果调解协议不合法的，就裁定予以驳回。比如，调解协议违反国家法律、法规的强制性规定，属于无效的，就不能发出支付令，应当驳回。
5．清偿或者提出书面异议。民事诉讼法《劳动争议调解仲裁法》第一百九十一条《劳动争议调解仲裁法》第二款规定：“债务人应当自收到支付令之日起十五日内清偿债务，或者向人民法院提出书面异议。”因此，支付令发出后，用人单位要么按照支付令的要求向劳动者支付拖欠劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金，要么提出书面异议。由于发出支付令前，法院没有对事实进行全面的审查，也没有要求作为被申请人的答辩，为了被申请人的合法权益，民事诉讼法规定债务人可以提出书面异议，提出抗辩。因此，对于法院发出的支付令，用人单位可以提出书面异议，如果异议成立，法院就会裁定终结督促程序，支付令自行失效。
6．申请执行。如果用人单位既不提出异议，又不履行支付令，该怎么办？民事诉讼法《劳动争议调解仲裁法》第一百九十一条《劳动争议调解仲裁法》第三款规定：“债务人在前款规定的期间不提出异议又不履行支付令的，债权人可以向人民法院申请执行。”因此，用人单位在收到人民法院发出的支付令之日起十五日内不提出书面异议，又不履行支付令的，劳动者可以向人民法院申请执行，人民法院应当按照民事诉讼法规定的执行程序强制执行。
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