1、因克扣、拖欠工资引起的纠纷。对于企业克扣、拖欠劳动者工资的，按照国家现行规定，劳动者在提起劳动仲裁和诉讼时，不仅有权要求企业返还克扣、无故拖欠的全部工资，而且可以要求企业加发25%的赔偿金。依据是劳部发(1995)223号文第3条，此规定带有惩罚性质，主要是针对用人单位违反国家有关法规政策的行为。因此如果企业克扣或拖欠工资无理的话，仲裁委员会和法院一般都会支持25%的工资赔偿金。
这里应当明确的一点是“工资”的含义，很多劳动者误以为工资就是指劳动合同中约定的基本工资，这是对法律条文的错误理解，不管是按照国家统计局还是原劳动部的有关文件，“工资”不仅仅是基本工资，还包括奖金、加班费、补贴等等。因此，对工资一词含义正确的理解应该是用人单位实际支付给劳动者的全部工资性收入，而且不低于当地最低工资标准;劳动者实际工资收入低于最低工资标准的，按最低工资标准计算。这就要求劳动者在劳动仲裁、诉讼前要准备有关工资数额的证据，最好在签订合同的时候就明确约定。掌握了这一点，劳动者才能最大限度的保护权益。
2、因发放加班费引起的纠纷。对于实行标准工时的企业，安排劳动者加点、加班的延长劳动者工作时间的，应当按规定支付加班、加点工资。如果是综合计算工时的劳动者，在一个计算周期内超过标准工时的工作小时数的，同样应该支付加班工资，其中法定节假日的工作应当支付三薪。
在计算加班费时主要区分以下3种情况：正常工作日延长工作时间的，应当支付不低于150%的工资;休息日安排加班而没有补休的，应当支付不低于200%的工资;法定节假日安排加班的，应当支付不低于300%的工资。这里应当注意的是如何确定加班工资的计算基准?具体计算公式是：用月工资总额除以月工作天数或小时数可得出职工日平均工资和小时平均工资，作为计算加班工资的基数。月工资总额同样按照《国家统计局发布关于工资总额组成的规定》，是由6个部分组成：包括计时工资、计件工资、奖金津贴和补贴、加班加点工资和特殊情况下支付的工资，而不是劳动合同中约定的基本工资。还有一点，月工作天数和小时数应当按照根据劳社部发(2000)8文的规定计算，分别是20.92天和167.4小时。注意到以上两点，在计算加班工资时就不会少算或漏算了。
劳动者在进行加班费追索时，如果企业还存在克扣、拖欠加班工资的情形，劳动者同样可要求额外支付25%的工资赔偿金。为了避免诉讼请求不当，劳动者也应当注意用人单位可以不支付加班费的特殊情况：劳动者自愿加班的、计件工资没有完成工作量的、经劳动保障部门批准实行不定时工种的(主要指企业高层管理人员)。
3、因用人单位辞退造成工资损失的纠纷。这里的损失包括因误工造成的本人工资损失和
25%的工资赔偿金。如果司法机关认定企业辞退不能成立，一般会支持劳动者期间的工资收入损失。
问题在于此类争议劳动者是否也可以要求25%的赔偿金?法院在处理实践中，主要是把握企业的辞退是否成立、劳动者是否存在过错以及过错程度等因素。如前所说，工资赔偿金具有惩罚性质，因此如果劳动者存在过错，法院可以不判赔25%的工资赔偿;如果劳动者没有过错，企业应当支付25%的工资赔偿金。
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