《医疗事故处理条例》所规定的赔偿标准比其他人身损害标准低，与法院办理侵权案件的人身损害赔偿标准相差较多。如：《条例》第五十条就患者的误工费规定为：“患者有固定收入的，按照本人因误工减少的固定收入计算，而收入高于医疗事故发生地上年度职工年平均工资3倍以上的，按照3倍计算。”而最高人民法院《关于贯彻执行〈中华人民共和国民法通则〉若干问题的意见》第一百四十三条则规定，误工赔偿费用的标准，可以按照受害人的工资标准或者实际收入的数额计算。而国家赔偿法第二十七条还规定，赔偿因误工减少收入的每日的赔偿金按照国家上年度职工日平均工资计算，最高额为国家上年度职工年平均工资的5倍。再比如：《条例》规定“精神损害抚慰金按医疗事故发生地居民年平均生活费计算。造成患者死亡的，赔偿年限最长不超过6年；造成患者残废的，赔偿年限最长不超过3年。”《最高人民法院关于审理触电人身损害赔偿案件若干问题的解释》第四条第（八）项规定“死亡补偿费按照当地平均生活费计算，补偿20年。对七十岁以上的，年龄每增加一岁少计一年，但补偿年限最低不少于十年。”
国家赔偿法规定“死亡赔偿金和丧葬费的总额为上年度职工平均工资的20倍。残废赔偿金、部分丧失劳动能力的，最高额为国家上年度平均工资的10倍。全部丧失劳动能力的，最高额为国家上年度平均工资的20倍。”这样，在司法实践中就出现了究竟是按《条例》的赔偿标准，还是执行有关最高人民法院司法解释中规定的民事赔偿标准。
对此，中国人民大学杨立新教授认为：“2001年最高法院关于精神损害赔偿解释第十条规定，‘法律、行政法规对残废赔偿金、死亡赔偿金等有明确规定的，适用法律、行政法规的规定。’据此，精神损害抚慰金的赔偿标准应执行《医疗事故处理条例》。这样的原则不应仅适用于精神损害抚慰金的赔偿，而是应适用于医疗事故的全部赔偿。” 我同意这一观点，因为医疗行为有一定的特殊性，《条例》中对医疗机构民事责任的确定已经考虑到了这些特殊性。因而，在赔偿标准上作了一些限定。在司法审判实践中应适用《条例》的较低赔偿标准，是可以理解的。
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