首先，适用的前提不同。重新鉴定是一个独立的鉴定程序，主要适用于鉴定本身存在违法情况、对结论持有异议，裁判机关难以采信的情况；而补充鉴定是在原鉴定的基础上对其中个别增加问题进行复查、修改、补充，以使鉴定结论更加全面地反映客观真实，和原鉴定同属一次鉴定的鉴定。
其次，鉴定主体不同。重新鉴定一般不得由原鉴定机构或鉴定人进行。但在特殊情况下，委托人和司法鉴定机构协商一致的，可以由原来的鉴定机构进行，但原来的司法鉴定人要回避。补充鉴定则是由原鉴定机构中的原鉴定人进行。
