合同无效所涉及到的诉讼时效期间适用问题，在理论界争议很大，我们的审判实践也常常见到不同的判决结果，这就需要我们在这里统一认识。首先，要把握一个基本原则，那就是诉讼时效期间的法定性。一方面，因为诉讼时效期间是法律明确规定的，非当事人约定而成，所以它具有不可改变的性质；另一方面，合同效力和诉讼时效期间是民法体系中两种并行的法律概念。其次，在法院或者仲裁机构未确认合同无效的情况下，任何合同的任何一方当事人都没有权利对合同的效力进行确认，合同实际上一直在“有效”的存在着。最后，合同是双方当事人合意的产物，有明确的权利义务关系，当事人知道何时主张权利，何时履行何种义务。法院审判实践的引导也应当有利于促使当事人及时行使权利，保存债权的法律强制保护性，防止转变为自然之债。此外，恰恰是无效合同更需要对其后果及时了结。因此，无论是有效合同，还是无效合同，都应当适用诉讼时效期间的规定。当然，如果法律有明确规定时，我们应随之而调整。当前司法实务界已经基本统一了无效参照有效处理的基本原则，不再过多纠缠于合同效力问题，以及对无效与有效的刻意区分。
此外，需要说明的是，最高法院的观点认为，确认合同无效请求权不适用诉讼时效的规定，具体理由如下：
(1)从确认合同无效请求权的性质进行分析，确认合同无效请求权虽表面上称为请求权，但其性质为实体法上的形成权，故不属于诉讼时效的客体，不应适用诉讼时效制度。若该形成权受期间限制，也应受除斥期间的约束而非诉讼时效的约束。
(2)从无效合同的立法目的进行分析，确认合同无效请求权适用诉讼时效制度有违无效合同制度维护社会公共利益的立法目的。确认合同无效是法律对合同效力的价值评判。无效合同的本质在于其违反了法律、行政法规的强制性规定和社会公共利益。其具有较大的社会危害性。质言之，无效合同制度是法律对合同自由的限制，是国家为维护社会公共利益之需要而运用公权力对当事人的民事行为所进行的主动干预。对于无效合同，不仅当事人可以申请确认无效，合同以外的第三人也可申请确认无效，人民法院和仲裁机构可以主动确认合同无效。一般而言，只要据以认定合同无效的法律规范或公序良俗没有发生变化，合同的违法性将一直存在，时间经过，并不能导致违法行为变成合法合同，也无法减轻其社会危害性，除非在未来设定合同无效的转换制度，或者合同无效的事由在法院处理时已经消失。如果确认合同无效请求权适用诉讼时效的规定，在诉讼时效期间届满后，对于违法和违反社会公共利益的行为法院或者仲裁机构不再确认其无效，则有违合同无效制度维护社会公共利益的目的。正是因为无效本质上具有违法性，是对社会秩序的违反，如果对这种违法行为适用诉讼时效制度，就意味着法律容忍了这种违法行为并接受了其相应的后果，“违法的合同将变成为合法的合同，违法的行为将变成合法的行为，违法的利益将变成为合法的利益，这显然是不符合立法的宗旨和目的，也与法律秩序的形成相矛盾。”
(3)从诉讼时效制度的立法目的角度进行分析，确认合同无效请求权不适用诉讼时效的规定。法律设立诉讼时效制度的目的之一是督促权利人行使权利以便尽快稳定交易秩序。适用诉讼时效的权利具有需对方当事人协助性的特点，换言之，若权利人不积极主张权利，将会影响权利人与义务人之间的法律关系的稳定，进而影响到社会秩序。但合同无效则因其违反了法律或社会公共利益，并不以当事人积极行使权利作为其要件，第三人以及人民法院、仲裁机构均可以申请或者依职权主动确认合同无效，因此，其不符合作为诉讼时效客体的权利的特征，也不符合诉讼时效制度的立法目的。
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