什么情况下由上级人民法院指定管辖

根据《民事诉讼法》第36条和第7条的规定，指定管辖有以下几种情况：

(1)接受移送案件的人民法院认为移送的案件按法律规定不属于本院管辖的，依法报请上级人民法院指定管辖，不得再白行移送。

(2)有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。特殊原因包括法律上的原因（如审判人员全部被申请回避）和事实上的原因（如自然灾害等）。

(3)人民法院之间因管辖权发生争议，由争议双方协商解决；协商解决不了的，报请他们的共同上级人民法院指定管辖。如双方为同属一个地、市辖区的基层人民法院，由该地、市的中级人民法院及时指定管辖；同属一个省、自治区、直辖市的两个人民法院，由该省、自治区、直辖市的人民法院，高级人民法院协商不成的，由最高人民法院及时指定管辖。报请上级人民法院指定管辖应逐级进行。

上级人民法院指定管辖时，应书面通知报送的人民法院和被指定行使管辖权的人民法院，报送的人民法院接到通知后，应及时告知当事人。