有的人认为，根据《反不正当竞争法》第十条规定，“侵犯”商业秘密的行为之一为“违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密”，此“违反约定”表述，一方面说明有时并不存法定保密义务，而只存在约定保密义务，另一方面说明权利人可以与涉密人约定保密义务，根据意思自治原则，约定保密义务可自动替代法定义务。这显然是对法律规定的误解
首先，约定义务与法定义务并不是非此即彼的关系，法律允许而且鼓励权利人与涉密人就商业秘密相关事项进行更加具体明确的约定，但如前所述，涉密人的法定保密义务是基于商业秘密的法律性质和内涵，不是说存在约定义务的情况下，法定义务就不复存在。如国家工商总局《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》第3条规定，“权利人的职工违反合同约定或者违反权利人保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的权利人的商业秘密”，属侵犯商业秘密行为。但不是说权利人的职工不与权利人签订劳动合同或保密协议，该职工法定保密义务就不存在，更不能说如果签署此类合同约定了保密义务，职工的法定保密义务就自动被约定保密义务替代。
其次，由于保密义务主要是要求义务人不作为，所以法定义务与约定义务通常并不矛盾，更多的时候约定义务是对法定义务的补充，而不是否定。比如实践中，竞业禁止条款就经常被约定在保密协议中，用以加强对涉密人的约束。
再次，权利人可以约定一定条件下豁免涉密人保密义务（该商业秘密属国家秘密时需经政府主管部门批准，下同），在该条件成就时涉密人法定保密义务得以排除和豁免，但这恰恰说明法定保密义务是客观存在的，约定条件违法或不成就，涉密人仍需继续承担法定保密义务。
最后，权利人违反保密协议，不一定免除涉密人保密义务。因为商业秘密不得侵犯以及涉密人的法定保密义务，并不以权利人与涉密人签署协议以及协议成立或有效为条件，如我国《合同法》第四十三条规定，“当事人在订立合同过程中知悉的商业秘密，无论合同是否成立，不得泄露或者不正当地使用。泄露或者不正当地使用该商业秘密给对方造成损失的，应当承担损害赔偿责任”，第九十二条规定，“合同的权利义务终止后，当事人应当遵循诚实信用原则，根据交易习惯履行。。。。。。保密等义务”。因此，在权利人违约（将该违约行为约定为保密义务豁免情形的除外），涉密人仍应当承担保密义务。
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