1.诉讼与仲裁管辖的冲突。
《解释》规定，劳动争议案件由用人单位所在地或者合同履行地的基层法院管辖。《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》（下称《条例》）规定，企业与职工不在同一个仲裁委员会管辖地区的，由职工当事人工资关系所在地的仲裁委员会处理。《解释》规定劳动争议案件"或者由合同履行地的基层法院管辖"，主要是为方便用人单位与劳动合同履行地不在同一地的当事人诉讼和查清案件事实 。"用人单位与劳动合同履行地不在同一地"与"企业与职工不在同一个仲裁委员会管辖地区"应属同一意思，但二者对此确定的管辖地是不完全一致的。按《解释》规定，当用人单位与劳动者不在同一地点时，用人单位所在或者合同履行地的基层法院均有管辖权。按《条例》规定，应由职工当事人工资关系所在地的仲裁委员会处理，按原劳动部《〈中华人民共和国企业劳动争议处理条例〉若干问题解释》规定，"职工当事人工资关系所在地"是指向职工发放工资的单位所在地，现实中相当多的情况就是指向用人单位所在地。如劳动者在劳动合同履行地（工作地）申请仲裁，当地仲裁部门可能会以申诉应由用人单位所在地仲裁部门管辖为由，作出不予受理的书面裁决、决定或者通知。劳动者不服起诉到法院，而根据本文前面的陈述，法院应不予受理或驳回起诉。劳动者只好又回到用人单位所在地申请仲裁。这样，劳动者不但不方便诉讼，且实际上增加了诉累。以上分析并非理论上的假设，而是真实发生的案例。
2.不服仲裁裁决的起诉期限问题。
《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国企业劳动争议处理条例》规定，"当事人对仲裁裁决不服的，自收到裁决书之日起15日内，可以向人民法院起诉；期满不起诉的，裁决书发生法律效力。"这里的"自收到裁决书之日"，对该期间如何起算有不同看法，一种意见认为应按《劳动争议仲裁委员会办案规则》第四十五条（期间包括法定期间和仲裁委员会指定的期间。期间以日、月、年计算。期间开始之日计算在内）规定应理解为收到裁决书的当日，而非次日。另一种意见认为《劳动争议仲裁委员会办案规则》仅是部门规章，且该规则中并未涉及该15日期间问题，故应按《中华人民共和国民事诉讼法》规定，从次日开始计算。笔者同意第二种意见。另外，由于对该期间的性质存在不同看法，对该期间能否适用中止、中断、延长，对超过15日起诉的受理后，是从实体上还是从程序上处理等均有争议。笔者认为相关法律对此未作规定，可参照《中华人民共和国民事诉讼法》关于上诉期间的规定处理，即不得中止、中断和延长，对超过15日起诉的，不予受理，受理后应从程序上驳回其起诉。最高人民法院《关于人民法院对经劳动争议仲裁裁决的纠纷准予撤诉或驳回起诉后劳动争议仲裁裁决从何时生效的解释》已含有这种意思。当然，如当事人因不可抗力或其它正当理由耽误期限的，可在障碍消除后十日内向人民法院申请顺延期限，是否准许，由人民法院审查决定。
另外，对《解释》列举的三种仲裁不予受理情形，当事人应当在什么期限内提起诉讼，对此《解释》未进一步明确，目前实践中劳动争议仲裁委员会的不予受理的书面裁决、决定或者通知亦未告知当事人诉权及起诉期限。有观点认为，既然没有规定，当事人在二年内起诉均应受理。笔者认为，《解释》规定不予受理可以起诉的依据是"不予受理"可视为仲裁部门已作出处理 ，根据对等原则，对不予受理的起诉期限应等同于不服仲裁裁决的起诉期限，即十五日。如果规定两年起诉期限，则远远超过了劳动争议申请仲裁的六十日期限。当然，人民法院应和劳动仲裁部门加强沟通，建议仲裁部门在不予受理的文书中告知诉权和起诉期限。规定可以起诉，但不规定起诉期限，不能不说是重大缺陷，最高人民法院应尽快就此作司法解释。另外，对当事人不服劳动争议仲裁委员会以当事人申请仲裁事项不属于劳动争议、当事人仲裁申请超过六十日期限、申请仲裁的主体不适格三种理由作出的不予受理的书面裁决、决定或者通知而提起诉讼的，人民法院受理后，原告申请撤诉获准许或被法院裁定按撤诉处理的，劳动争议仲裁委员会的不予受理裁决、决定或通知是否生效，缺乏有关规定。这涉及到撤诉后能否再次起诉问题。笔者认为可参照对仲裁裁决撤诉情形的处理。
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