亲子鉴定是司法技术鉴定的一种，在证据学上是一种独立的证据，对于这一特殊的证据，要能够在诉讼中发挥证明作用必须具备合法性。要使亲子鉴定结论具有合法性，须同时具备两个条件，一是鉴定程序合法，二是鉴定机构、鉴定从业人员合法。
按照《民事诉讼法》的规定，当事人只有申请权，而是否启动鉴定程序是由人民法院决定的，那么即使是为了满足丈夫的知情权，如果男方私自进行亲子鉴定，也是违反法定程序的。对于违反程序而取得之证据不具有证明力，也就不能作为丈夫一方要求妻子在物质或精神方面进行赔偿或者要求离婚的依据。如今民间机构所从事的亲子鉴定在绝大多数情况下不是由人民法院委托的，因此民间机构出具的鉴定结论不具有证据效力。
鉴定机构合法，就是要求鉴定机构的主体资格符合法律规定。因为亲子鉴定结论具有极强的科技性和先进性，能够直接影响判决的结果，于是对于鉴定机构和鉴定从业人员有很高的要求。在鉴定机构从事鉴定业务的自然人须满足以下条件方可进行鉴定活动，否则其结论因不具有证据所应具备的合法性而不能作为证据使用。
第一，鉴定机构的条件。法人或者能够独立承担民事责任的组织申请从事鉴定业务的，应当具备下列条件：（1）有明确的业务范围，可以接受法院的委托从事司法鉴定业务；（2）须具备从事业务内鉴定活动所需的仪器、设备；（3）须具有在业务范围内从事鉴定活动的依法通过计量认证或者实验室认可的专门的检测实验室；（4）须具从事鉴定业务的三名以上鉴定人；（5）须在中级以上人民法院或在省级以上司法行政部门登记，未经登记不得从事亲子鉴定活动；（6）须有专门的场所。
第二，鉴定人的条件。在鉴定机构从事鉴定业务的自然人须满足以下条件方可进行鉴定活动，否则其结论因不具有证据所应具备的合法性而不能作为证据使用。
（1）可以从事亲子鉴定活动的人员具有与所从事的司法鉴定业务相关的高级专业技术职称；或具有与所从事的司法鉴定业务相关的专业执业资格；或高等院校相关专业本科以上学历，并从事相关工作2年以上；或从事相关工作10年以上，具有较强的专业技能。（2）不得从事亲子鉴定活动的人员：因故意犯罪或职务过失犯罪受过刑事处罚的，受过开除公职处分的，以及被撤销鉴定人登记的人员。（3）具有相关的法律知识，良好的个人品德和执业道德。以上诸项只有本条需要编制鉴定名册的单位或部门仔细审核，以确保鉴定能依法、科学、公正地进行。
鉴定的结果是要负法律责任的，而我国目前却没有一个统一的部门对国内的亲子鉴定机构进行管理，对鉴定程序方面、鉴定机构的资格、设置也没有规定，有时候造成当事人重复到不同地方做几次鉴定的现象。
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